我校生命科學(xué)學(xué)院駱觀(guān)正教授團(tuán)隊(duì)提出一種用于鑒定微量樣品m6A的高效便捷建庫(kù)測(cè)序技術(shù)，鑒定到數(shù)千個(gè)高重復(fù)性m6A位點(diǎn)，為促進(jìn)m6A功能研究提供方法學(xué)創(chuàng)新。
N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine, m6A) 是真核生物mRNA中含量最豐富的堿基修飾類(lèi)型，動(dòng)態(tài)調(diào)控mRNA的剪接、定位、降解等多種代謝通路，進(jìn)而參與細(xì)胞分化、腫瘤發(fā)生、免疫反應(yīng)等重要生理過(guò)程。甲基化RNA免疫共沉淀高通量測(cè)序(MeRIP-Seq 或m6A-Seq) 是目前應(yīng)用最廣泛的m6A檢測(cè)技術(shù)，但該技術(shù)通常需要大量起始RNA樣品（>100μg總RNA），難以應(yīng)用于微量樣品的m6A檢測(cè)，限制了其在臨床稀缺樣品和早期胚胎發(fā)育等場(chǎng)景中開(kāi)展m6A研究。因此，該領(lǐng)域急需一種適用于低起始RNA量、簡(jiǎn)單快捷的m6A高通量測(cè)序技術(shù)。
該研究提出一種m6A高通量測(cè)序新技術(shù)：tMeRIP-Seq。該技術(shù)通過(guò)多聚胸腺嘧啶引物特異性地反轉(zhuǎn)錄含有PolyA尾的mRNA，利用Tn5轉(zhuǎn)座酶切割RNA/DNA雜合鏈的特性，將mRNA/DNA雜合鏈片段化同時(shí)加上測(cè)序接頭，極大地降低樣品初始投入量并簡(jiǎn)化實(shí)驗(yàn)操作。基于這一策略，該研究以低至60ng總RNA為起始模板，鑒定到數(shù)千個(gè)可重復(fù)m6A位點(diǎn)，這些位點(diǎn)特異地富集于基因3′末端附近，并且有典型的RRACH基序。之后研究者應(yīng)用該技術(shù)從一滴血中鑒定了m6A圖譜，發(fā)現(xiàn)多個(gè)血液疾病相關(guān)基因可能受m6A調(diào)控?；陬?lèi)似原理，tMeRIP-Seq技術(shù)未來(lái)還可能拓展到其它RNA修飾研究中。
tMeRIP-Seq技術(shù)原理圖：通過(guò)Tn5預(yù)先加接頭的RNA片段經(jīng)過(guò)常規(guī)免疫共沉淀后，直接PCR即可獲得測(cè)序文庫(kù)。
近日，該研究成果“Establishment of Transposase-assisted Low-input m6A Sequencing Technique ”發(fā)表在期刊Journal of Genetics and Genomics上。我校生命科學(xué)學(xué)院博士后陳濤和博士研究生李言為該論文共同第一作者，駱觀(guān)正教授為通訊作者。相關(guān)工作得到重點(diǎn)研發(fā)計(jì)劃、國(guó)家自然科學(xué)基金、廣東省自然科學(xué)基金和中國(guó)博士后科學(xué)基金等項(xiàng)目資助。
